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国民年金基金連合会と事務委託先金融機関
（資産管理サービス信託銀行など）
に払う部分は、どの金融機関（運営管理機関）でiDeCoに加入中の場合でも同額です。
手数料に差があるのは運営管理機関に払う部分です。上の表のとおり一部の証券会社や銀行などのみ0円（無料）となっています。
この手数料の差はとても大きいです。仮に25年間（300ヵ月）掛金を拠出したとすると、


口座管理手数料が年額2,004円
⇒ 25年間で50,100円

口座管理手数料が年額6,000円
⇒ 25年間で150,000円


と、差額が10万円にもなります。それに手数料が安いというのは気分的にも全然違うと思います。ですので手数料が安い証券会社等で加入することを推奨します。

信託報酬は、資産運用方法に投資信託を組み入れている場合にのみかかる手数料です。資産全額を定期預金などの元本保証プランで運用するように設定中の場合は不要です。

信託報酬は投資信託のタイプによって大きく変わってきますし、同じタイプの投資信託でも商品によって大きく違います。そのため、なるべく信託報酬の低い商品を扱っている金融機関でiDeCoに加入することが重要になります。投資信託プラン（信託報酬）の比較で比較結果を取り上げていますので、よかったら参照してみてください。